基本的にブラウザはjsやcssファイルをキャッシュするので、サーバー側でファイルを更新しても最新の物を読み込んでくれるわけではない。
これを回避するには、手っ取り早いのはファイルのアドレスを変えることで別ファイルだと認識させる。
ただ、毎回ファイル名を変更するのはナンセンスなので、phpでファイル更新時間を取得し、これをアドレスに付与するようにする。
<?php $jsFile = WWW_ROOT . "js/ajax.js";
$jsTimStump = date("ymd_His", filemtime($jsFile));
echo http://hoge/ajax.js?v={$jsTimStump}
これでファイルが更新されるとアドレスが変化するようになる。